Родился 7 апреля 1506 года в аристократической баскской наваррской семье в замке Хавьер (Наварра, Испания). В 1525 году возрасте 19 лет отправился учиться в Париж в Колледж Сен-Барб, где получил степень магистра искусств в 1530 году, после чего преподавал философию Аристотеля в Колледже Бове.
В 1529 году познакомился с Игнатием Лойолой, с которым проживал в одной комнате. 15 августа 1534 года в часовне Монмартра Игнатий де Лойола совместно с Франциском Ксаверием, Петром Фавром, Диего Лаинесом, Альфонсом Сальмероном, Николаем Альфонсом Бобадильей и Симаном Родригишем принесли друг перед другом обеты послушания, целомудрия и бедности. Этот день считается днём основанием Общества Иисуса.
В 1534 году продолжил теологическое обучение и 24 июня 1537 года был рукоположен в священника. В ноябре 1537 года он вместе со своими шестью товарищами отправился в Рим, чтобы там встретиться с Римским папой Павлом III. В 1540 году написал устав иезуитского ордена под названием «Формула института», который был утверждён буллой Римского папы Павла III 17 сентября 1540 года.
Будучи первым миссионеров в истории ордена иезуитов, Франциск Ксаверий посвятил большую часть своей жизни миссии в Индии и странах Юго-Восточной Азии и Дальнего Востока. После своего отплытия из Европы в 1541 году он провёл оставшуюся свою жизнь в Индии с 1542 года по 1544 год, на Молуккских островах с 1545 года по 1547 год и в Японии с 1549 год по 1551 год.
Франциск Ксаверий выполнил огромную работу по распространению Церкви в странах Азии, и как организатор, и как первопроходец. Найдя компромисс с древней церковью святого Фомы в Индии, он тем самым разработал основы миссионерских методов Общества Иисуса. Он соединял христианскую миссию и политику, и, в принципе, был не против распространения христианства силой (см. его письмо королю Португалии Жуану III, написанное 20 января 1548 года).
Он обладал качествами великого миссионера, был харизматической личностью, имел огромный лингвистический талант и всегда без остановок рвался вперёд. Его деятельность оставила огромный след в миссионерской истории Индии, Японии и Китая, указав путь для дальнейших поколений католических миссионеров, не только иезуитов.
Он сам смог увидеть многие из результатов своей работы, но цели, которые он ставил перед собой, были намного больше. Так как Церковь ответила на его призыв, поняв важность того, что он делал, эффект от его усилий распространился далеко за пределами его собственного ордена. Широкой нынешней распространённостью в мире Церковь, в значительной степени, обязана Франциску Ксаверию и всему поколению миссионеров того времени.
Евангелическо-Лютеранская церковь на Северном Кавказе вспоминает Франциска Ксаверия 3 декабря. В общинах Северо-Кавказского пропства Евангелическо-Лютеранской Церкви России на Северном Кавказе рекомендуется ознакамливать прихожан с деятельностью Франциска Ксаверия.
Краснодар, Ставрополь, протестанты, церковь, лютеране, немцы, евангелическая, лютеранская
